O processo de autoavaliação institucional da FaCiência foi organizado em etapas ordenadas de acordo com as diretrizes do MEC, segundo o modelo de avaliação do SINAES, que contempla as orientações gerais para autoavaliação definidas pela CONAES. O processo deve começar no início de cada ano com atividades de planejamento interno da CPA, encerrando-se com o Relatório de autoestudo, documento consolidador de todo o processo de autoavaliação do ano.